东江支流的淡水河和石马河跨越深圳、东莞、惠州三市，早年随沿线各地工厂增加与人口膨胀，水质日益恶化，淡水河水质长期处于劣五类，发黑发臭，石马河更被戏称为珠三角的“黑龙江”。这两条支流一度佔据东江七成的污染负荷，直接威胁东江水质安全。
事关供港水源的安全，广东省环保厅、监察厅连续多年重点督办，虽然两河整治已见成效，河道生态逐渐恢復，流域污水处理能力超过实际污水排放总量，但部分流域水质仍偶尔超标，有居民反映该流域出现企业偷排污水现象，对此，广东省人大去年再次将两河治污列为重点督办对象，同时引入第三方评估。
深圳方面表示，将继续全力治污，除开展源头治理外，还将推进产业转型升级。据悉，去年前8个月，深圳市在淡水河、石马河流域累计淘汰、转型低端落后企业1574家，投入15.6亿元治理两河，其中关停线路板、电镀等重污染企业68家，否决项目406个。
深圳还将实施厂网并举政策，提升截污治污能力。今年开展梧桐山河截污干管以及君子布河等片区排污口截污完善工程，新增污水管网106公里，同时计划到2018年再新建和改造1000公里污水管网。
据悉，深圳还採取严管重罚打击环境污染，去年以来环境执法立案移送司法机关达46宗，已超出去年全年移送宗数一倍以上。有环保人士认为，广东省人大督办两河，深莞惠三地同为污染整治责任单位，加上各级财政拨款，可避免以往相互推诿的情况，有利两河长治久养，不过，亟需建立健全流域生态保护责任追究和补偿机制等制度。
